Juan Hernández es desde hoy nuevo jugador del Burgos. El futbolista llega a El Plantío tras desvincularse de la SD Ponferradina. El futbolista llegó al club berciano en el mercado de invierno de la pasada temporada procedente del AD Alcorcón. Como blanquiazul ha participado en 14 partidos de la campaña 21/22 y dos de la actual.
Juan se formó en la estructura del Granada C. F. con el que llegaría a formar parte del juvenil A. En la temporada 2013-14 firmó con la La Hoya Lorca C. F., club de su tierra, con el que realizaría una gran temporada a las órdenes de José Miguel Campos, quedando en segunda posición del grupo IV de Segunda B y jugando el play-off de ascenso a la Segunda División.
En verano de 2015 el jugador firmó con el filial del Getafe C. F. para jugar en Segunda B en el grupo II, con el que disputó 31 partidos y anotó siete goles, aunque no pudo evitar el descenso a Tercera División con el conjunto madrileño. En verano de 2016 firmó con el Real Club Celta de Vigo «B».
En la temporada 2017-18 marcó 15 goles con el filial celtiña, con el que llegó a jugar las semifinales del play-off de ascenso a Segunda División cayendo en semifinales frente al F. C. Cartagena y mostrando el interés por el jugador de equipos de superior categoría.
El 13 de junio de 2018 el Celta de Vigo anunció que el jugador formaría parte de la primera plantilla del equipo vigués en la Primera División para la temporada 2018-19.
Al comienzo de la temporada 2018-19, el Real Club Celta de Vigo lo cedería al Cádiz C. F., donde jugaría las dos primeras jornadas pero debido una lesión que le apartó de los terrenos durante 7 meses.
Al comienzo de la temporada 2019-20, en la pretemporada sufrió otra lesión que le dejaría durante 3 meses sin poder jugar. El 15 de diciembre de 2019, tras la recuperación de la lesión debutó en Primera División con el Real Club Celta de Vigo en un empate de 2 a 2 frente al R. C. D. Mallorca entrando en el minuto 89 de encuentro sustituyendo a Kevin Vázquez. Esa temporada solo metería 2 goles en Copa de Rey y jugaría cinco partidos con el equipo celeste.
El 27 de agosto de 2020 renovó con el Real Club Celta de Vigo hasta 2022 y fue cedido sin opción de compra al C. E. Sabadell F. C. de la Segunda División.
El 7 de julio de 2021 rescindió su contrato con el Real Club Celta de Vigo y firmó con la A. D. Alcorcón de la Segunda División durante dos temporadas. No completó ni la mitad de ellas, ya que el 26 de enero de 2022 rescindió su contrato y dos días después se comprometió con la Sociedad Deportiva Ponferradina.