Albacete y FC Cartagena tienen en su agenda a Jon Mikel Magunagoitia, según apunta el periodista especializado Ángel García. El guardameta habría despertado el interés de ambos equipos tras su último tramo de campaña en la SD Amorebieta. Tras el descenso, podría salir del conjunto vasco.
Jonmi se formó en la cantera azul hasta que, en su etapa juvenil, la SD Eibar se hizo con sus servicios. En la temporada 2018-19, siendo aún juvenil, regresó como cedido para militar en la primera plantilla zornotzarra. Dicho curso defendió en 14 partidos ligueros la portería de los azules con buenas actuaciones, pero el club armero decidió recuperarle en el mercado de invierno para que jugara en su filial, el CD Vitoria, donde disputó otros 12 encuentros en Segunda B dicha campaña.
Durante su etapa en el Eibar, el arquero zornotzarra entró en varias convocatorias del primer equipo, donde tuvo el rol de tercer portero, aunque no llegó a debutar en duelo oficial. El pasado verano puso fin a su etapa en la entidad eibartarra y fichó por el Zamora CF para jugar en Primera RFEF. Comenzó la temporada como titular, pero una grave lesión de rodilla en la séptima jornada le apartó de los terrenos de juego durante siete meses. Una vez recuperado, volvió a ponerse los guantes en la última jornada del curso.
El 18 de julio de 2022, firma por la SD Amorebieta de la Primera Federación logrando el ascenso. Esta última campaña en Segunda ha disputado 16 partidos en los que ha encajado 24 tantos y ha dejado la portería a cero en 5 ocasiones.