Según apunta la cuenta de X especializada en fichajes @MundoSegunda_, CD Leganés y Rayo Vallecano se interesan por la situación de Miguel Rubio. Ambos equipos estarían interesados en el defensor del Granada CF tras el descenso a Segunda del conjunto nazarí. El curso pasado disputó 19 partidos en Primera en los que hizo 1 gol.
Miguel empezó su carrera en el Getafe C. F. y en 2017 formó parte de su equipo filial de Tercera División. El 6 de mayo de 2018 hizo su debut en Primera División con el Getafe C. F. a las órdenes de José Bordalás en el Estadio Insular frente a la U. D. Las Palmas.
En la temporada 2018-19, siendo el capitán del filial del Getafe, logró el ascenso a Segunda División B, marcando el gol del ascenso frente al C. D. Lealtad. En junio de 2019 renovó por cuatro temporadas e hizo la pretemporada con el primer equipo. En agosto fue cedido al C. F. Fuenlabrada para jugar en Segunda División durante la temporada 2019-20. Tras jugar solo un partido de Copa del Rey, el 31 de enero de 2020 se puso fin a su cesión. El 14 de febrero se anunció su cesión al Real Valladolid C. F. Promesas hasta fin de temporada. A pesar de estar el mercado cerrado, la RFEF aceptó la operación debido a los problemas que habían surgido en la cancelación del anterior préstamo. El 18 de agosto se extendió la cesión una temporada más, además el equipo blanquivioleta tendría una opción de compra.
El 20 de agosto de 2021 firmó por el Burgos C. F., recién ascendido a la Segunda División, en calidad de cedido por una temporada. En esta participó en 30 partidos en los que anotó tres goles. Tras estas cesiones, el Getafe C. F. acordó a finales de julio de 2022 su marcha al Granada C. F. para jugar con ellos los siguientes tres años.
En la temporada 2022/23 consigue el acceso con el Granada C.F. a la primera división siendo campeones de liga. El 26 de agosto de 2024 logra su primer tanto en la máxima categoría del fútbol español, en un partido contra el RCD Mallorca, que terminó con la victoria del Granada C.F. por 3-2.