En el Cádiz, Paco López parece estar mas fuera que dentro tras la derrota en casa ante el Dépor, pero manteniéndose aún en el cargo, las opciones para coger el banquillo del conjunto amarillo siguen sobre la mesa, Eldesmarque sacaba a la luz el nombre de Gaizka Garitano como una de las opciones.
Garitano comenzó su carrera como entrenador en 2010 dirigiendo al Eibar «B», tras un año como asistente en el primer equipo del Eibar. Dos años después, se hizo cargo del primer equipo en solitario, con el que logró ascender a Segunda División A en su primera campaña.
En la temporada 2013-14, el conjunto armero, con un presupuesto de apenas 4.000.000€, fue la sorpresa de la categoría de plata. Tras una primera vuelta donde luchó por eludir el descenso, cuajó grandes resultados en la segunda parte del torneo y consiguió un inédito ascenso a Primera División.
En su debut en la Liga, el Eibar de Garitano completó la primera vuelta en una meritoria octava posición, con 27 puntos. Sin embargo, en la segunda vuelta sólo sumó ocho puntos y terminó descendiendo por tener el «goal-average» perdido con Granada y Deportivo. Ese mismo día, Garitano decidió dimitir. No obstante, finalmente el Eibar se mantuvo en Primera División gracias al descenso administrativo del Elche.
El 6 de julio de 2015, se anunció su fichaje por una temporada con el Real Valladolid Club de Fútbol, de Segunda División. Fue despedido el 21 de octubre de 2015, después de 9 jornadas de Liga en las que el equipo blanquivioleta sumó otros tantos puntos, ocupando puestos de descenso.
El 10 de junio de 2016, se convirtió en entrenador del Real Club Deportivo de La Coruña, tras la destitución de Víctor Sánchez del Amo. A pesar de estar dos puntos por encima del descenso, fue destituido el 26 de febrero de 2017 tras la derrota, en la jornada 24, ante el CD Leganés por 4 a 0.
Posteriormente pasó por Lezama primero entrenando al filial del Athletic y luego al primer equipos hasta 2021 donde, en junio, se hizo oficial su regreso al Eibar, iniciando así su segunda etapa con el conjunto armero después de firmar un contrato por 2 temporadas con opción a una tercera. Bajo su dirección, el equipo vizcaíno terminó 3º en la Liga regular, perdiendo el ascenso directo en la última jornada. En la promoción de ascenso, el Eibar fue eliminado por el Girona en semifinales, por lo que jugó un año más en la categoría de plata. En la temporada siguiente, el equipo guipuzcoano volvió a clasificarse para la promoción de ascenso, donde cayó ante el Deportivo Alavés. El 9 de junio de 2023, el club anunció que Garitano no iba a continuar en el banquillo.
El 8 de octubre de 2023, fue contratado por la UD Almería. El 13 de marzo de 2024, fue destituido por el club indálico tras haber cosechado 7 empates y 12 derrotas en 19 partidos en el banquillo del equipo indálico.