Según desvela Relevo, Rafa Marín cuenta con buen número de clubes tras sus pasos y uno de ellos el Villarreal. El conjunto groguet está interesados en el defensa en una operación que en estos momentos está viva como una posible cesión, simple o con opción de compra. El jugador atraviesa una situación complicada en el Nápoles.
En la temporada 2016-17, ingresa en la cantera del Real Madrid Club de Fútbol para incorporarse al cadete «B». Marín iría quemando etapas en el conjunto blanco y en la temporada 2019-20, lograría el título de la Liga Juvenil de la UEFA 2019-20 en las filas del juvenil «A». El 2 de mayo de 2021, hizo su debut con el Real Madrid Castilla Club de Fútbol de la Segunda División B de España en un encuentro frente al CD Badajoz.
En la temporada 2021-22, formaría parte del Real Madrid Castilla Club de Fútbol en la Primera Federación. El 22 de diciembre de 2021, sería convocado con el primer equipo del Real Madrid Club de Fútbol en un encuentro frente al Athletic de Bilbao en LaLiga, pero no llegaría a debutar.
En las siguientes temporadas se afianzaría en las filas del Real Madrid Castilla Club de Fútbol en la Primera Federación. Para la temporada 2023-24, fue cedido al Deportivo Alavés hasta el 30/6/2024.
El excanterano del Real Madrid no ha logrado consolidarse en el esquema del Napoli, a pesar de llegar al club con grandes expectativas.