Fichajes.net apunta el interés de Villarreal, Betis y Sevilla por Jefferson Savarino. El jugador destaca gracias a su gran rendimiento en el Botafogo, equipo con el que lidera el Brasileirao y aspira al título en la Copa Conmebol Libertadores.
En la temporada 2013-14, debuta con el primer equipo del Zulia, llamado Sabana Grande futbol club llegando a disputar 4 temporadas con el equipo venezolano hasta el año 2017. El 9 de mayo de 2017, es cedido al Real Salt Lake, de la Major League Soccer, donde tiene buenas actuaciones, lo que lleva al equipo estadounidense a confirmar su fichaje completamente el primero de enero de 2018 hasta 2020.
El 7 de febrero de 2020, se hace oficial su llegada al Atlético Mineiro, de la Serie A, a cambio de 2 millones de dólares con contrato hasta 2023. En su segunda temporada, se coronó campeón de la Serie A brasileña, Copa de Brasil y del Campeonate Mineiro. A principios de 2022, queda campeón de la Supercopa de Brasil y nuevamente del Campeonato Mineiro.
A mediados de 2022, regresa a su antiguo equipo, el Real Salt Lake, de la MLS, a cambio de poco más de 2 millones de dólares3 y firmando contrato hasta 2025. En enero, Jefferson Savarino fue anunciado oficialmente por Botafogo y firmó de forma permanente hasta diciembre de 20264.